Якуши Кабуто - шиноби Конохи, воспитанник Детского Приюта.

Может начать игру в любой из трёх деревень как завербованный руководством Конохагакуре шпион. Вариативно: если игрок на Орочимару даёт своё согласие, Кабуто может быть уже завербованым им двойным агентом, который продолжает работать одновременно на старейшин и на Орочимару.

При начале игры в любой другой деревне кроме Конохи, имеет конспирацию, и не поддаётся разоблачению пока сам того не пожелает, или не совершит ошибку.

Якуши Кабуто – человек без истинного лица, полностью растворившийся в искусстве притворства. Его личность – это набор масок, которые он меняет в зависимости от ситуации: обаятельный и услужливый лекарь, безупречный шиноби, скромный аналитик или холодный оперативник. Он настолько глубоко укоренился в своей роли шпиона, что сам уже не уверен, кем был изначально.

В каждом новом облике он тщательно адаптируется к окружению, меняя не только поведение, но и манеру речи, жесты и даже внутренний ход мыслей. У него нет привязанностей, нет честных эмоций – только расчет и необходимость выполнять поставленные задачи. Он умён, осторожен и невероятно наблюдателен, что позволяет ему оставаться незаметным и незаменимым в любой организации, куда его забрасывает судьба.

Но глубоко внутри, в самом далёком уголке души, ещё живёт тот самый мальчик, которого когда-то приютили. Кабуто уже давно не помнит, каким он был – искренним, добрым, жаждущим понимания и тепла. Этот образ стёрся под гнетом бесконечных миссий, предательств и постоянного поиска своего места. Временами в нём просыпается что-то похожее на тоску, но он сразу же отмахивается от неё, ведь для шпиона слабость – это смертельный приговор.

Теперь он – лишь инструмент, идеальный агент, существующий в тени и ради тени. И пока что - это инструмент Конохи. Но только ли её?

У Кабуто чёрные глаза, пепельные волосы, сплетены в хвост, и круглые очки. Будучи ассистентом Орочимару он носит лиловую рубашку и того же цвета брюки, под рубашкой белую майку. Так же он носит перчатки лилового цвета (во второй части снимает их), нормальную обувь Ниндзя и протектор Отогакуре.
После того как Орочимару проиграл Саске, Кабуто интегрирует оставшиеся клетки своего хозяина в своё тело, чтобы стать сильнее, а не оставаться инструментом других. Раньше постоянно носил большие круглые очки, но после поглощения части клеток Орочимару перестал ими пользоваться, хоть и носит иногда (скорее по привычке). Почти все тело Кабуто покрыто белыми змеиными клетками Орочимару. Однако клетки Орочимару пытаются перенять контроль над его телом. Этот процесс продолжается и Кабуто всё больше перенимает качества и внешность своего мастера. На голове всегда одет капюшон с двумя отметинами в виде змеиных глаз (что придаёт ему сходство с коброй). Выражение лица Кабуто очень таинственное. Кроме того его тело похоже на тело Наги с двумя ногами и змеёй, исполняющей обязанности хвоста. Однако видимо эта форма всего лишь оболочка, так как он может скидывать её и принимать свою истинную форму, сравнимую с формой Орочимару (белый змей).